الف- بررسی مزرعه در زمان گیاهچه
اگر در مزرعه بخش‌هایی وجود داشت که در آن‌جا گیاهان از بین رفته یا برگ‌های بوته رنگ پریده و ضعیف بود، گیاهچه‌ها را با دقت از خاک خارج و ریشه آن‌ها را بشویید. دقت كنيد و ببينيد ریشه‌ها دارای رشد اندک، رنگ پریده و به رنگ‌های قهوه‌ای و خاکستری هستند یا نه. در واقع انواع گونه Pythium باعث ایجاد ریشه‌های اصلی تحلیل رفته به همراه توسعه ضعیف ریشه‌های جانبی و ایجاد بافت نرم قهوه‌ای رنگ در نزدیکی یا راس ریشه می‌شوند. چنین حالتی در خاک‌های بسیار مرطوب یا غرقاب رخ داده و موجب سبز شدن ضعیف و مرگ گیاهچه می‌شود.

ب- بررسی مزرعه در زمان ایجاد گره
باید مزرعه را از نظر گیاهانی که شادابی کم‌تری دارند، به‌خصوص بخش‌های مشخصی از بوته‌هایی با شادابی کم‌تر یا دارای برگ‌های زرد، بررسی كرد و این گیاهان را از خاک خارج نمود و ریشه‌های آن‌ها را شست. این ریشه‌ها دارای رشد محدود بوده و راس آن‌ها رنگ پریده و نوک تیز است. عوامل زیر ممکن است باعث ایجاد این شرایط گردند:
1-Rhizoctonia sp.: قادر به ایجاد بخش‌های برهنه از گیاه در سطح مزرعه است (به همین دلیل به آن بیماری بخش‌های برهنه یا Bare patch نیز می‌گویند). ممکن است در این بخش‌ها تعدادی گیاهان باقی‌مانده مشاهده شود، اما این گیاهان بسیار کم رشد هستند. ریشه این گیاهان به طور عمده قهوه‌ای رنگ و نیزه‌ای شکل بوده و حتی تا حد بسیار زیادی پوسیده است.  Rhizoctonia sp.اغلب در آن دسته از اراضی به وجود می‌آید که علف‌های هرز قبل از کاشت آن‌ها از بین نرفته باشد. می‌توان این بیماری را كه در نواحی دارای بارندگی زمستانه و در خاک‌های آهکی فقیر نیز شایع است با بروز حالت غرقاب مرتبط دانست.
2- نماتدهای کیسه‌ای غلات (Heterodera spp.) نیز باعث ایجاد بخش‌هایی با رشد ضعیف و اغلب دارای تعدادی برگ زرد در مزرعه می‌شوند که ممکن است چند متر طول داشته باشند. گیاهان آلوده را از خاک خارج کرده و ریشه و طوقه آن‌ها را بررسی نماييد. در صورتی که ریشه‌های ثانویه سفید یا رنگ پریده، کوتاه، پیچ خورده و در هم گره خورده به صورت یک توده باشند، نشانگر نماتدهای کیستی غلات است که از ریشه‌های گیاه تغذیه کرده و باعث بروز چنین علايمی می‌شوند. به مرور کیست‌های سفید کوچکی در این گره‌ها یا روی ریشه‌های ضخیم شده توسعه می‌یابند. این کیست‌ها در نهایت به رنگ قهوه‌ای درمی‌آیند.
3- بیماری پاخوره  (Gaeumannomyces graminis var. tritici)را می‌توان در مراحل ابتدایی آن با شکافتن ریشه شناسایی کرد. در این حالت مغز ریشه به رنگ سیاه در می‌آید. در مراحل بعدی بخش تحتانی ساقه و بسیاری از ریشه‌ها سیاه خواهند شد. در این حالت بوته‌ها را به سهولت می‌توان از ریشه کند. ریشه‌ها، کوچک باقی می‌مانند. بیماری پاخوره تمامی پنجه‌های گیاه را تحت تاثیر قرار مي‌دهد و ممکن است بخش‌هایی از مزرعه به طول چند متر را آلوده سازد. این بیماری در شرایط مرطوب‌تر و به‌خصوص در خاک‌های خنثی تا قلیایی به سرعت گسترش می‌یابد. این بیماری را همچنین بیماری سفید شدن سنبله نیز می‌نامند، زیرا سنبله‌های مرده به نحو فزاینده‌ای در بخش‌های آلوده مزرعه- که هر چه فصل رشد گیاه به انتها نزدیک می‌شود گسترش آن‌ها نیز بیش‌تر می‌گردد- مشاهده می‌شوند.
4- قهوه‌ای رنگ بودن بخش تحتانی ساقه ناشی از پوسیدگی طوقه Helminthosporium است. همچنین ممکن است علايم دیگري از قبیل صورتی رنگ شدن میان‌گره‌های زیر طوقه و پایین‌ترین گره‌های روی ساقه در زیر غلاف‌های برگ نیز وجود داشته باشد. این بیماری معمولا پنجه‌های اولیه (1 تا 2 ساقه) در هر بوته را تحت تاثیر قرار می‌دهد. ایجاد رنگ صورتی در ریشه با گونه‌های فوزاریومی مجموعه پاتوژن ریشه در ارتباط است. این علايم هنگامی که گیاهان تحت تنش آبی واقع شوند، آشکارتر می‌گردد.

ج- بررسی مزرعه در زمان سنبله‌دهی تا گرده افشانی
علايم ناشی از بیماری‌های بذرزاد و خاک‌زاد معمولا پس از سنبله‌دهی در مزرعه ظاهر می‌شوند. سیاهک‌ها از نوع بیماری‌های بذززاد محسوب مي‌شوند.
زمانی که برخی از سنبله‌ها کاملا سفید و مرده هستند، پاخوره یا پوسیدگی طوقه باعث بروز این مشکل می‌شود. بیماری در این مرحله سیستم آوندی ساقه‌ها را به طور کامل از بین برده و در نتيجه، باعث از بین رفتن و سفید شدن سنبله‌ها می‌شود. بروز یخبندان شدید نیز ممکن است علايم مشابهی ایجاد کند، اما در صورت بروز یخبندان بخش‌های وسیعی از مزرعه به صورت متصل به یکدیگر تحت تاثیر قرار خواهد گرفت.
سایر انواع پوسیدگی ریشه در جنوب آسیا شایع است، به‌خصوص هنگامی که شرایط گرم باشد.Bypolaris solorokiniana باعث ایجاد ریشه‌های قهوه‌ای نکروزه و میان‌گره‌های زیر طوقه‌ای قهوه‌ای رنگ می‌شود. پوسیدگی ریشه ناشی از قارچ rolfsii Sclerotium نیز در این مکان شایع است.
1- اگر یکی از سنبلچه‌ها یا تعدادی از آن‌ها و یا کل سنبله، بی‌رنگ یا كمي خشک بود یا سنبلچه‌ها دارای بذور چروکیده و اغلب رنگ پریده بودند، این علايم به احتمال زیاد ناشی از پوسیدگی فوزاریومی سنبله (Fusarium graminearum) است كه در نواحی کشت گندم در منطقه گرم و مرطوب شایع است. سنبله‌ها در این حالت تا حدودی صورتی رنگ هستند.
2- اگر بوته‌ها کوتاه و دارای برگ‌های سبز تیره و بوی ناخوشایند باشند، به بیماری سیاهک پنهان (Tilletia tritici ,Tilletia laevis) آلوده هستند. بیماری سیاهک پنهان دانه‌ها را آلوده می‌کند. هنگام برداشت دانه‌های آلوده براي آزادسازی توده اسپورهای سیاه رنگ موجود در آن‌ها می ترکد.
3- اگر بوته‌ها نسبتا طویل و دارای سنبله‌های آلوده به سیاهک باشند، علايم بیماری سیاهک سست (Ustilago tritici) ظاهر شده است. آنچه در واقع از سنبله‌های آلوده به این بیماری باقی می‌ماند، محور مرکزی برهنه آن‌هاست.

دلایل بروز بیماری در گیاهان
یکی از عوامل بروز بیماری این است که از واریته‌های مقاوم استفاده نشده است. در بین واریته‌های زراعی مقاوم به انواع زنگ، سپتوریا،  نماتد کیستی غلات (Heterodera spp.) و نماتدهای ساقه (Pratylenchus spp.) تا حدی و به میزان کم‌تر به پوسیدگی‌های طوقه و ریشه وجود دارد. بررسی واریته کشت شده و مقایسه با سایر واریته‌های کشت شده در منطقه که کم‌تر تحت تاثیر قرار گرفته‌اند و نیز توجه به روش‌های زراعی به کار رفته بسیار موثر خواهد بود. ممکن است بذور کشت شده آلوده بوده باشد. بررسی نمونه بذر کشت شده و مشاهده نقاط سیاه رنگ در آن، بررسی محل تهیه بذر کشت شده و نوع تهيه بذر- اعم از اين كه بذر کشت شده از محصول دیررس همان مزرعه تهیه شده و یا از فروشنده بذر خریداری شده باشد- حايز اهميت است. متاسفانه عدم وجود نقاط سیاه رنگ به هیچ عنوان دلیل قابل اطمیناني براي عاري بودن بذر ازBipolaris sorokiniana نیست.
گاهی بقایای ایستاده محصول قبلی که آلوده به بیماری بوده قبل از کاشت محصول جدید در منطقه آلوده به بیماری حذف نشده و یا میزبان جایگزینی برای آن بیماری در نزدیکی محل کشت وجود داشته است. مثلا گونه‌های علفی میزبان زنگ زرد هستند، در حالی که گونه‌های غیر علفی میزبان زنگ قهوه‌ای برگ و ساقه هستند. همچنین بررسی بقایای محصول قبلی و سایر گیاهانی که ممکن است میزبان بیماری باشند، حايز اهمیت هستند. توجه به مسايلي از جمله بیمار بودن يا نبودن بذر قبل از کاشت، نامناسب بودن يا نبودن تیمار به کار رفته، به دست آوردن جزيیات مربوط به تیمار بذر و بررسی قابل قبول بودن چنین تیماری برای بیماری مورد نظر، نکات جالبی را به ما نشان می‌دهد.
همچنين بررسی نوع خاک و این که خاک طی مراحل گیاهچه‌ای غرقاب بوده و باعث کندی سبز شدن مزرعه و رشد اولیه شده است و جست‌وجوي مدرکی برای اثبات زه‌کشی ضعیف خاک و بارندگی سنگین در طول دوره رشد گیاهچه از اهميت خاصي برخوردار است. بررسی محصول قبلی کشت شده در زمین، این که گندم پس از گندم کشت شده یا جو و نيز قرار داشتن يا نداشتن مزرعه گندم در مجاورت مزرعه ذرت، حايز اهمیت است.

راه‌حل‌های مقابله با بیماری سیاهک
از واریته‌های مقاوم استفاده کنید. فقط از بذور تمیز برداشت شده از یک مزرعه عاری از بیماری استفاده کنید و اطمینان حاصل نمایید که ماشین برداشت کننده در مزرعه قبلی آلوده نشده باشد. از بذر تیمار شده استفاده کنيد یا بذر را در خود مزرعه با استفاده از قارچ‌کش‌های توصیه شده و در دسترس تیمار کنید.
از کشت عمیق بذر، به‌خصوص در مزارعی که بیماری سیاهک در سال‌های قبل مشاهده شده، خود داری کنید. قبل از کاشت نسبت به آبیاری خاک اقدام کرده و کاشت را در خاک مرطوب انجام دهید. با اطمینان حاصل نمودن از جوانه‌زنی سریع، امکان آلودگی در مراحل ابتدایی رشد به حداقل می‌رسد. کلیه سنبله‌های آلوده به سیاهک سست را حذف کرده و خارج از مزرعه بسوزانید.
راه‌حل‌های مقابله با مجموعه بیماری‌های پوسیدگی ریشه
از واریته‌های مقاوم استفاده کنید. از تک کشتی غلات اجتناب کرده (گندم بعد از گندم) و از کاربرد تناوب‌هایی که به صورت متوالی دربرگیرنده محصولات میزبان برای بیماری‌ها هستند، خودداری کنید. نسبت به حذف بقایای ایستاده محصول قبلی و هر گونه میزبان جایگزین برای بیماری‌ها اقدام کنید.
در تناوب از یک لگوم با یک محصول غیر میزبان استفاده نمایید. این محصولات میزبان بیماری نبوده و لذا از تجمع عوامل بیماری‌زا جلوگیری می‌کنند. بیماری‌هايی نظیر پاخوره ممکن است به دو فصل زراعی عدم کشت گندم به منظور از بین بردن تمام مایع تلقیح (lnoculum) نیاز داشته باشند (حبوبات، دانه‌های روغنی و انواع سیب‌زمینی میزبان این بیماری نیستند).
از کاشت گندم پس از ذرت یا حتی نزدیک به یک مزرعه ذرت در صورتی که پوسیدگی فوزاریومی سنبله در منطقه وجود داشته باشد، خودداری کنید. با اجتناب از کاشت عمیق بذر و با اعمال آبیاری اولیه قبل از کاشت از سبز شدن سریع محصول اطمینان حاصل کنید.
از کاشت بذر در خاک خشک و سپس آبیاری آن در فاصله کوتاهی پس از کاشت خودداری کنید، زیرا این امر موجب تحریک گونه‌های  Pythiumمی‌گردد؛ به‌خصوص اگر خاک به مدت زمان طولانی خیس باقی بماند. قبل از کاشت نسبت به آبیاری اقدام نماييد و تا زمانی که مزرعه در مرحله پنجه‌زنی قرار نگرفته از آبیاری مجدد آن خوداری کنید.
با استفاده متعادل از کودها نسبت به بهبود تغذیه گیاه اقدام کنید. استفاده از کودهای فسفاته و پتاسیمی میزان آلودگی را کاهش خواهد داد. تهویه و زه‌کشی خاک را با عملیات زراعی و استفاده بیش‌تر از مواد آلی بهبود بخشید. نسبت به تیمار بذر قبل ازکاشت اقدام کنید.